1979年由国务院批准成立林木种子公司，与原林业部种苗局合署办公，属一套班子两块牌子并带有行政管理职能的司局级事业单位；

1981年国家进出口委批准林木种子进出口经营权；

1983年撤销种苗局，单称中国林木种子公司；

1990年在国家进行政企分开的机构改革中，将带有行政管理职能的业务组建成林业部种苗管理总站（现为场圃总站），后组建成中国林木种子公司;

1998年与国家林业局脱钩，与当时部直属的9家公司合并为中国国际合作集团公司(现为中国林业集团有限公司)，归中央企业工委(现国资委)管理至今；

2017年公司进行公司制改革，改制后公司更名为中国林木种子有限公司；

2020年公司更名为中国林木种子集团有限公司。